氧气：对气相系统危害很大的一种污染物。载气中的杂质氧气在高温下会破坏色谱柱固定相，大大影响色谱柱寿命，与此同时流失的固定相会引起杂峰，污染检测器，进而导致额外的清洗和系统停机时间。氧气的持续存在还有可能影响进样口衬管的惰性，导致活性位点的产生，从而发生吸附，拖尾和分析物响应降低。对于 MS、TCD 检测器来说，氧气的存在还会使灯丝寿命缩短。

水分：水分的长期存在会降低气路系统的电子元件寿命，也会影响 ECD、MSD 和 NPD 等检测器的灵敏度。水分在一定条件下也会引起色谱柱流失，影响色谱柱寿命，导致拖尾和基线噪音的产生。